侵犯土地承包经营权纠纷，如果是个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，当事人可以向乡级人民政府处理；如果是单位与单位之间发生的争议案件，当事人可以向争议土地的县级国土资源行政主管部门调查处理。
法律依据:
《土地权属争议调查处理办法》第五条个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。 前款规定的个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。
《土地权属争议调查处理办法》第六条设区的市、自治州国土资源行政主管部门调查处理下列争议案件：
(一)跨县级行政区域的；
(二)同级人民政府、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转送的。
