对于二手房阴阳合同纠纷，确定价格的方式是，按照阴合同中的价格来执行。如果价格不确定的，当事人可以协议补充，或者根据合同的相关条款等来确定。如果仍不能确定的，按照市场价格或者政府指导价来确定。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《中华人民共和国民法典》第一百四十六条行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。
《中华人民共和国民法典》第五百一十一条当事人就有关合同内容约定不明确，依据前条规定仍不能确定的，适用下列规定：
（二）价款或者报酬不明确的，按照订立合同时履行地的市场价格履行；依法应当执行政府定价或者政府指导价的，依照规定履行。
