小产权房购买协议如果符合法律关于合同的效力性强制性规定、符合当事人之间的合意的，可以在当事人双方之间有效。但大多数小产权房由于产权不完善，所以价格便宜。当事人在订立合同时应当多留意。
法律依据:
《《中华人民共和国民法典》》第五百零二条依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
《《中华人民共和国民法典》》第四百七十条合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。
《《中华人民共和国民法典》》第五百九十五条买卖合同是出卖人转移标的物的所有权于买受人，买受人支付价款的合同。
《《中华人民共和国民法典》》第五百九十六条买卖合同的内容一般包括标的物的名称、数量、质量、价款、履行期限、履行地点和方式、包装方式、检验标准和方法、结算方式、合同使用的文字及其效力等条款。
