宅基地纠纷法院不立案的处理办法：当事人就宅基地权属发生争议的，由人民政府处理；当事人对政府处理不服的，可向法院提起行政诉讼，提起诉讼的前提是因侵权或随意处分宅基地引起的民事案件，这类案件才属于法院管辖。
法律依据:
《土地管理法》第十六条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
