农村集体土地确权登记证的办理流程：
1、当地开展了土地确权的工作；
2、市人民政府向辖区内集体土地所有权的农民集体经济组织发布通告；
3、提出申请及申报飞地；
4、地籍调查和阶段权属审核；
5、公示公告就登记发证。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第三百三十三条土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立。
登记机构应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。
《中华人民共和国民法典》第三百四十一条流转期限为五年以上的土地经营权，自流转合同生效时设立。当事人可以向登记机构申请土地经营权登记;未经登记，不得对抗善意第三人。
