农村房产证更换户主在房地产管理部门提出申请；然后到当地地税部门缴纳应缴税收；再到房地产维修基金部门办理维修资金转移登记或缴纳维修资金；最后到房地产管理部门提交资料，审核通过后于7个工作日内领取证件；领取房产证后到国土管理部门办理国土过户登记。
法律依据:
《民法典》第二百一十条
不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
第二百一十七条
不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。
