发生医疗事故应该卫生行政部门处理。医疗机构发生医疗事故的，医疗机构需要及时向所在地的卫生行政部门报告。若属于导致患者死亡或者可能为二级以上的医疗事故、导致3人以上人身损害后果等重大医疗事故的，医疗机构需要在十二小时内上报卫生行政部门。
医疗机构需要保存相关就诊、治疗等病历资料，严禁医疗机构私自涂改、伪造、隐匿、销毁或者抢夺病历资料。
医疗机构对于医疗事故负有相应的举证责任。若医疗机构对于医疗事故存在故意或者重大过失的，医疗机构需要承担相应的赔偿责任。
法律依据:
《医疗事故处理条例》第十四条
发生医疗事故的，医疗机构应当按照规定向所在地卫生行政部门报告。
发生下列重大医疗过失行为的，医疗机构应当在12小时内向所在地卫生行政部门报告：
（一）导致患者死亡或者可能为二级以上的医疗事故；
（二）导致3人以上人身损害后果；
（三）国务院卫生行政部门和省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门规定的其他情形。
