红灯亮时车辆已越过停止线的，不一定会扣分。根据具体情况，如果车辆在红灯时，只是刚刚越过停止线，但立即停住了，就不会被扣分；如果是过线后还有明显的位置移动，就会被扣分。
法律依据:
《道路交通安全法》第二十五条
全国实行统一的道路交通信号。
交通信号包括交通信号灯、交通标志、交通标线和交通警察的指挥。
交通信号灯、交通标志、交通标线的设置应当符合道路交通安全、畅通的要求和国家标准，并保持清晰、醒目、准确、完好。
根据通行需要，应当及时增设、调换、更新道路交通信号。增设、调换、更新限制性的道路交通信号，应当提前向社会公告，广泛进行宣传。
