船舶超航区处罚规定为：海事管理机构实施海事行政处罚时，应当责令当事人改正或者限期改正海事行政违法行为。对有两个或者两个以上海事行政违法行为的同一当事人，应当分别处以海事行政处罚，合并执行。对有共同海事行政违法行为的当事人，应当分别处以海事行政处罚。
法律依据:
《海上海事行政处罚规定》第四条
海事管理机构实施海事行政处罚时，应当责令当事人改正或者限期改正海事行政违法行为。
《海上海事行政处罚规定》第五条
对有两个或者两个以上海事行政违法行为的同一当事人，应当分别处以海事行政处罚，合并执行。
对有共同海事行政违法行为的当事人，应当分别处以海事行政处罚。
《海上海事行政处罚规定》第六条
实施海事行政处罚，应当与海事行政违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相适应。
