超员100%一次扣12分。处五百元以上二千元以下罚款，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。根据机动车驾驶证申领和使用规定，道路交通安全违法行为记分分值，驾驶营运客车不包括公共汽车、校车载人超过核定人数20%以上的，一次记12分。
法律依据:
《道路交通安全法》第九十二条
公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。
货运机动车超过核定载质量的，处二百元以上五百元以下罚款；超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处五百元以上二千元以下罚款。
有前两款行为的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。
运输单位的车辆有本条第一款、第二款规定的情形，经处罚不改的，对直接负责的主管人员处二千元以上五千元以下罚款。
