农产品运输绿色通行证的办理方式为：申请人应当提交车辆行使证、营运证（已审）和车主身份证的复印件（经带原件来核对）、随车手机号码等资料。办理地点是当地植检部门所设的的鲜活农产品绿色签证点。
法律依据:
《中华人民共和国道路运输条例》第一条
为了维护道路运输市场秩序，保障道路运输安全，保护道路运输有关各方当事人的合法权益，促进道路运输业的健康发展，制定本条例。
第二条
从事道路运输经营以及道路运输相关业务的，应当遵守本条例。
前款所称道路运输经营包括道路旅客运输经营（以下简称客运经营）和道路货物运输经营（以下简称货运经营）；道路运输相关业务包括站（场）经营、机动车维修经营、机动车驾驶员培训。
