对跨省自治区直辖市组织调查认定职责存在争议的，由其共同的上级处置非法集资的牵头部门确定。若是非法集资人为个人的，由其住所地或者经常居住地处置非法集资牵头部门组织调查认定。
法律依据:
《防范和处置非法集资条例》第二十条
对跨行政区域的涉嫌非法集资行为，非法集资人为单位的，由其登记地处置非法集资牵头部门组织调查认定；非法集资人为个人的，由其住所地或者经常居住地处置非法集资牵头部门组织调查认定。非法集资行为发生地、集资资产所在地以及集资参与人所在地处置非法集资牵头部门应当配合调查认定工作。
处置非法集资牵头部门对组织调查认定职责存在争议的，由其共同的上级处置非法集资牵头部门确定；对跨省、自治区、直辖市组织调查认定职责存在争议的，由联席会议确定。
