个体工商户的烟草证应当按照以下流程进行办理：向烟草专卖局窗口提交申办有关材料，并填写申请表；审查通过的，即可以发放准予许可决定书、烟草专卖零售许可证；营业执照的经营范围不包括烟草的，应当告知其办理变更手续。
法律依据:
《中华人民共和国烟草专卖法》第三条
国家对烟草专卖品的生产、销售、进出口依法实行专卖管理，并实行烟草专卖许可证制度。
《中华人民共和国烟草专卖法》第四条
国务院烟草专卖行政主管部门主管全国烟草专卖工作。省、自治区、直辖市烟草专卖行政主管部门主管本辖区的烟草专卖工作，受国务院烟草专卖行政主管部门和省、自治区、直辖市人民政府的双重领导，以国务院烟草专卖行政主管部门的领导为主。
