注销食品经营许可证的，应当由当事人携带相关材料前往当地工商管理部门进行申请，在审核通过之后即可以注销该许可。我国《食品经营许可管理办法》规定，食品经营者未按规定申请办理注销手续的，原发证的食品药品监督管理部门应当依法办理食品经营许可注销手续。
法律依据:
《食品经营许可管理办法》第三十七条
有下列情形之一，食品经营者未按规定申请办理注销手续的，原发证的食品药品监督管理部门应当依法办理食品经营许可注销手续：
（一）食品经营许可有效期届满未申请延续的；
（二）食品经营者主体资格依法终止的；
（三）食品经营许可依法被撤回、撤销或者食品经营许可证依法被吊销的；
（四）因不可抗力导致食品经营许可事项无法实施的；
（五）法律法规规定的应当注销食品经营许可的其他情形。
食品经营许可被注销的，许可证编号不得再次使用。
