办理船舶检验证书的流程是：申请人持相关材料向窗口提出申请，由窗口工作人员进行初审后受理；申请船舶初次检验、特别检验和船长15米（含）以上、40马力（含）以上的船舶的各类检验由海事处初审后报市船检所检验发证；船长15米以下、40马力以下船舶的年度检验由海事处受理检验发证。
法律依据:
《船舶登记条例》第三条
船舶经依法登记，取得中华人民共和国国籍，方可悬挂中华人民共和国国旗航行；未经登记的，不得悬挂中华人民共和国国旗航行。
第四条
船舶不得具有双重国籍。凡在外国登记的船舶，未中止或者注销原登记国国籍的，不得取得中华人民共和国国籍。
第五条
船舶所有权的取得、转让和消灭，应当向船舶登记机关登记；未经登记的，不得对抗第三人。船舶由二个以上的法人或者个人共有的，应当向船舶登记机关登记；未经登记的，不得对抗第三人。
