诊所发生医疗事故的，处理如下：
1、协商。医患双方就赔偿问题进行协商，达成一致意见，双方签订协议书，可以办理公证或律师见证，并报卫生行政主管部门备案。
2、申请卫生行政部门处理。当事人应当提出书面申请，并在知道或应当知道身体健康受到损害之日起1年内提出。
3、向人民法院起诉。医疗纠纷可以不向卫生行政部门申请处理，直接向人民法院提起诉讼。
法律依据:
《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
