行政诉讼案件变更主体应这样处理：如果原告所起诉的被告不适格，人民法院应当告知原告变更被告；原告不同意变更的，人民法院应裁定驳回起诉。此外，应当追加被告而原告不同意追加的，人民法院应当通知其以第三人的身份参加诉讼，但行政复议机关作共同被告的除外。
法律依据:
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>的解释》第二十六条
原告所起诉的被告不适格，人民法院应当告知原告变更被告；原告不同意变更的，裁定驳回起诉。
应当追加被告而原告不同意追加的，人民法院应当通知其以第三人的身份参加诉讼，但行政复议机关作共同被告的除外。
