医疗机构及其医务人员合法权益保护的方式有主动维权和被动维权两种。主动维权是指医疗机构及其医务人员主动地依据国家有关法律、法规的规定，规范自己的医疗行为，在医疗过程中完善和保全依法行医的医疗文件，减少和避免医疗事故和医疗纠纷，充分应对医疗纠纷诉讼的行为。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一千二百二十八条
医疗机构及其医务人员的合法权益受法律保护。
干扰医疗秩序，妨碍医务人员工作、生活，侵害医务人员合法权益的，应当依法承担法律责任。
《中华人民共和国民法典》第三条
民事主体的人身权利、财产权利以及其他合法权益受法律保护，任何组织或者个人不得侵犯。
