计算行政诉讼费用的方式：如果当事人提起的是商标、专利、海事行政案件，则每件交纳100元的案件受理费；如果当事人提起的是其他行政案件，则每件交纳50元的案件受理费。
法律依据:
《诉讼费用交纳办法》第六条
当事人应当向人民法院交纳的诉讼费用包括：
（一）案件受理费；
（二）申请费；
（三）证人、鉴定人、翻译人员、理算人员在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴。
《诉讼费用交纳办法》第十三条
案件受理费分别按照下列标准交纳：
（五）行政案件按照下列标准交纳：
1.商标、专利、海事行政案件每件交纳100元；
2.其他行政案件每件交纳50元。
