丢失发票存根联严重。开具发票的单位和个人应当按照税务机关规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存五年。未按规定保管的，税务机关会进行处罚。
法律依据:
《中华人民共和国发票管理办法》第十八条
税务机关对外省、自治区、直辖市来本辖区从事临时经营活动的单位和个人领购发票的，可以要求其提供保证人或者根据所领购发票的票面限额以及数量交纳不超过1万元的保证金，并限期缴销发票。
按期缴销发票的，解除保证人的担保义务或者退还保证金；未按期缴销发票的，由保证人或者以保证金承担法律责任。
税务机关收取保证金应当开具资金往来结算票据。
