有权检查手机的部门是公安部门。公安机关在立案后，根据侦查犯罪的需要，可以对利用电信、计算机网络、寄递渠道等实施的重大犯罪案件，以及针对计算机网络实施的重大犯罪案件等严重危害社会的犯罪案件采取技术侦查措施。
法律依据:
《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百六十三条
公安机关在立案后，根据侦查犯罪的需要，可以对下列严重危害社会的犯罪案件采取技术侦查措施：
（一）危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、黑社会性质的组织犯罪、重大毒品犯罪案件；
（二）故意杀人、故意伤害致人重伤或者死亡、强奸、抢劫、绑架、放火、爆炸、投放危险物质等严重暴力犯罪案件；
（三）集团性、系列性、跨区域性重大犯罪案件；
（四）利用电信、计算机网络、寄递渠道等实施的重大犯罪案件，以及针对计算机网络实施的重大犯罪案件。
