员工离职得到的经济补偿金要扣税，但仅限于超过当地上年职工平均工资3倍数额之外的部分。法律规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。
法律依据:
《财政部税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》第五条第一款
个人与用人单位解除劳动关系取得一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过3倍数额的部分，不并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表，计算纳税。
