被认定侵权的扣留货物的，可以由相关机构进行没收，用于公益事业或者转让给知识产权权利人或者依法拍卖，予以销毁等等。同时如果进行处理的，需要书面通知知识产权权利人。
法律依据:
《中华人民共和国知识产权海关保护条例》第二十七条
被扣留的侵权嫌疑货物，经海关调查后认定侵犯知识产权的，由海关予以没收。
海关没收侵犯知识产权货物后，应当将侵犯知识产权货物的有关情况书面通知知识产权权利人。
被没收的侵犯知识产权货物可以用于社会公益事业的，海关应当转交给有关公益机构用于社会公益事业；知识产权权利人有收购意愿的，海关可以有偿转让给知识产权权利人。被没收的侵犯知识产权货物无法用于社会公益事业且知识产权权利人无收购意愿的，海关可以在消除侵权特征后依法拍卖，但对进口假冒商标货物，除特殊情况外，不能仅清除货物上的商标标识即允许其进入商业渠道；侵权特征无法消除的，海关应当予以销毁。
