新生儿窒息导致脑瘫，医院需要进行民事赔偿。医院可以通过和当事人协商的方式约定赔偿款项。赔偿的项目包括医疗费、住院伙食补助费、精神损害抚慰金等。
法律依据:
《《医疗事故处理条例》》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
《《医疗纠纷预防和处理条例》》第二十二条
发生医疗纠纷，医患双方可以通过下列途径解决：
（一）双方自愿协商；
（二）申请人民调解；
（三）申请行政调解；
（四）向人民法院提起诉讼；
（五）法律、法规规定的其他途径。
