补充医疗保险是需要缴纳个人所得税的。补充医疗保险不属于免税项目。补充医疗保险应并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。公司为职工缴纳的商业性补充医疗保险一般为一年一次性趸交，应由公司将为职工支付的保费于支付当月并入工资薪金所得计算缴纳个人所得税。
法律依据:
《个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。
