持有c1驾驶证驾驶摩托车会扣分。只有c1驾驶证是不能驾驶摩托车的，驾驶摩托车必须要有摩托车的驾驶证，否则就是无证驾驶，会被扣分。根据规定，驾驶人应当按照驾驶证载明的准驾车型驾驶机动车；驾驶机动车时，应当随身携带机动车驾驶证。
法律依据:
《中华人民共和国道路交通安全法》第十九条
驾驶机动车，应当依法取得机动车驾驶证。
申请机动车驾驶证，应当符合国务院公安部门规定的驾驶许可条件；经考试合格后，由公安机关交通管理部门发给相应类别的机动车驾驶证。
持有境外机动车驾驶证的人，符合国务院公安部门规定的驾驶许可条件，经公安机关交通管理部门考核合格的，可以发给中国的机动车驾驶证。
驾驶人应当按照驾驶证载明的准驾车型驾驶机动车；驾驶机动车时，应当随身携带机动车驾驶证。
公安机关交通管理部门以外的任何单位或者个人，不得收缴、扣留机动车驾驶证。
