医疗机构执业许可证申请方式如下：首先要向县卫生局提交《医疗机构执业许可证》申请报告，并填写《医疗执业登记注册书》，提交相关材料，登记机关受理后，审核通过的会发《医疗机构执业许可证》。要申请该证，必须满足以下条件：有设置医疗机构批准书；符合医疗机构的基本标准；能够独立承担民事责任等。
法律依据:
《《医疗机构管理条例》》第二十六条
登记机关在受理医疗机构执业登记申请后，应当按照条例第十六条规定的条件和条例第十九条规定的时限进行审查和实地考察、核实，并对有关执业人员进行消毒、隔离和无菌操作等基本知识和技能的现场抽查考核。经审核合格的，发给《医疗机构执业许可证》；审核不合格的，将审核结果和不予批准的理由以书面形式通知申请人。
《医疗机构执业许可证》及其副本由国家卫生计生委统一印制。
条例第十九条规定的执业登记申请的受理时间，自申请人提供条例和本细则规定的全部材料之日算起。
