做医疗事故鉴定的程序如下：首先是一方当事人向卫生行政部门提出申请，或者双方协商约定做鉴定，随后由专业医学会组织鉴定，医学会会在45天内出具相关医疗事故技术鉴定结论。
法律依据:
《《医疗事故处理条例》》第二十条
卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
《《医疗事故处理条例》》第二十九条
负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会应当自接到当事人提交的有关医疗事故技术鉴定的材料、书面陈述及答辩之日起４５日内组织鉴定并出具医疗事故技术鉴定书。
负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会可以向双方当事人调查取证。
