农业部门加强对农业投入品使用的监管方式：农业行政部门作为农业生产环节的主管部门，应当建立健全农业投入品的安全使用制度：
一是要加强对食用农产品生产者的宣传和培训力度，增强他们对有害农业投入品的认识，提高安全使用农业投入品的意识、能力和责任。
法律依据:
《中华人民共和国农产品质量安全法》第三十四条
国家建立农产品质量安全监测制度。县级以上人民政府农业行政主管部门应当按照保障农产品质量安全的要求，制定并组织实施农产品质量安全监测计划，对生产中或者市场上销售的农产品进行监督抽查。监督抽查结果由国务院农业行政主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府农业行政主管部门按照权限予以公布。
监督抽查检测应当委托符合本法第三十五条规定条件的农产品质量安全检测机构进行，不得向被抽查人收取费用，抽取的样品不得超过国务院农业行政主管部门规定的数量。上级农业行政主管部门监督抽查的农产品，下级农业行政主管部门不得另行重复抽查。
