在应急车道行驶并不会扣12分，但是也是一种违法行驶。非紧急情况时在应急车道行驶或者停车，被高速交通警察当场拍照录像取证的汽车非法占用应急车道违章行为，会罚款二十元以上二百元，并勒令整改。
法律依据:
《中华人民共和国道路交通安全法》第六十八条
机动车在高速公路上发生故障时，应当依照本法第五十二条的有关规定办理；但是，警告标志应当设置在故障车来车方向一百五十米以外，车上人员应当迅速转移到右侧路肩上或者应急车道内，并且迅速报警。
机动车在高速公路上发生故障或者交通事故，无法正常行驶的，应当由救援车、清障车拖曳、牵引。
《中华人民共和国道路交通安全法》第五十二条
机动车在道路上发生故障，需要停车排除故障时，驾驶人应当立即开启危险报警闪光灯，将机动车移至不妨碍交通的地方停放；难以移动的，应当持续开启危险报警闪光灯，并在来车方向设置警告标志等措施扩大示警距离，必要时迅速报警。
