企业因施工损坏农田赔偿问题，由施工单位承担赔偿的责任，按造成农田的实际损失进行赔偿。如果施工人只是设置了明显标志但却没有采取安全措施，或者只采取了安全措施却没有设置明显标志，客观上仍未尽到其应有的注意义务，仍应承担侵权赔偿责任。
法律依据:
《民法典》第一千二百五十八条
在公共场所或者道路上挖坑、修缮安装地下设施等，没有设置明显标志和采取安全措施造成他人损害的，施工人应当承担侵权责任。
窨井等地下设施造成他人损害，管理人不能证明尽到管理职责的，应当承担侵权责任。
企业因施工损坏农田赔偿问题，由施工单位承担赔偿的责任，按造成农田的实际损失进行赔偿。如果施工人只是设置了明显标志但却没有采取安全措施，或者只采取了安全措施却没有设置明显标志，客观上仍未尽到其应有的注意义务，仍应承担侵权赔偿责任。
《民法典》第一千二百五十八条
在公共场所或者道路上挖坑、修缮安装地下设施等，没有设置明显标志和采取安全措施造成他人损害的，施工人应当承担侵权责任。
窨井等地下设施造成他人损害，管理人不能证明尽到管理职责的，应当承担侵权责任。
