医疗事故协议书不公证，在法律层面上也是有效，只要该协议书的内容不违反法律，并且是出于当事人的真实意思考虑，那么该书面协议无论是否做了公证，均具有法律效力。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一百四十八条
一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
