发生医疗事故院内的处理有：
1、医疗机构应当按照规定向所在地卫生行政部门报告；
2、当事人可以协商一致，进行医疗事故技术鉴定；
3、确认为医疗事故的，当事人可以通过协商、调解、诉讼方式确认赔偿数额。
法律依据:
《医疗事故处理条例》第十四条
发生医疗事故的，医疗机构应当按照规定向所在地卫生行政部门报告。
发生下列重大医疗过失行为的，医疗机构应当在12小时内向所在地卫生行政部门报告：
（一）导致患者死亡或者可能为二级以上的医疗事故；
（二）导致3人以上人身损害后果；
（三）国务院卫生行政部门和省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门规定的其他情形。
