交通事故住院费用首先由保险公司在交强险限额内支付，也可以协商由对方先行垫付，当然己方也可以垫付，最后凭医院发票要求赔偿，如果对方垫付的，可以在以后赔偿款中扣除，都没有的，还可以申请救助基金。
法律依据:
《《机动车交通事故责任强制保险条例》》第二十四条
国家设立道路交通事故社会救助基金（以下简称救助基金）。有下列情形之一时，道路交通事故中受害人人身伤亡的丧葬费用、部分或者全部抢救费用，由救助基金先行垫付，救助基金管理机构有权向道路交通事故责任人追偿：
（一）抢救费用超过机动车交通事故责任强制保险责任限额的；
（二）肇事机动车未参加机动车交通事故责任强制保险的；
（三）机动车肇事后逃逸的。
