医疗损害赔偿纠纷的处理办法有：双方协商、调解、法院判决。发生医疗事故后，患方可以先和院方本着平等自愿的原则，在充分协商的基础上达成和解协议，和解协议在当事人双方之间产生约束力。如果和解不成的，当事人可以请求卫生行政部门调解，或者请求法院依法做出判决。
法律依据:
《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
《医疗事故处理条例》第四十七条
双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
