车辆发生自燃保险公司不会赔偿。如果车主投保了车辆自燃损失附加险，那么保险公司会赔偿。机动车交通事故责任强制保险在全国范围内实行统一的责任限额。
法律依据:
《《中华人民共和国道路交通安全法》》第十七条
国家实行机动车第三者责任强制保险制度，设立道路交通事故社会救助基金。具体办法由国务院规定。
《《中华人民共和国道路交通安全法》》第七十五条
医疗机构对交通事故中的受伤人员应当及时抢救，不得因抢救费用未及时支付而拖延救治。肇事车辆参加机动车第三者责任强制保险的，由保险公司在责任限额范围内支付抢救费用；抢救费用超过责任限额的，未参加机动车第三者责任强制保险或者肇事后逃逸的，由道路交通事故社会救助基金先行垫付部分或者全部抢救费用，道路交通事故社会救助基金管理机构有权向交通事故责任人追偿。
