劳动者五险一金扣除工资不一样原因在于：劳动者工资不一样；用人单位职工工资总额不一样；直招员工和劳务派遣员工劳动隶属关系不一样；员工对缴费档次的要求不一样；其他。
法律依据:
《中华人民共和国社会保险法》第四条中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
《住房公积金管理条例》第三条职工个人缴存的住房公积金和职工所在单位为职工缴存的住房公积金，属于职工个人所有。
