农民工保证金是由施工方交纳的。由建设工程项目审批行政部门负责通知，并监督建设单位按照工程合同价款的相应比例向银行专户存储的工资专项资金。国家只是规定需要交纳农民工的保证金，但是交纳比例每个地区都略微不同，具体数目由各地的政府决定。
法律依据:
《保障农民工工资支付条例》第三十二条施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。
工资保证金实行差异化存储办法，对一定时期内未发生工资拖欠的单位实行减免措施，对发生工资拖欠的单位适当提高存储比例。工资保证金可以用金融机构保函替代。
工资保证金的存储比例、存储形式、减免措施等具体办法，由国务院人力资源社会保障行政部门会同有关部门制定。
