毕业生的就业报到证应当由学校在就业工作的主管部门进行办理。根据我国《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》，地方主管毕业生调配部门和高等学校按照国家下达的就业计划派遣毕业生。
法律依据:
《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》第三十一条地方主管毕业生调配部门和高等学校按照国家下达的就业计划派遣毕业生。派遣毕业生统一使用《全国普通高等学校毕业生就业派遣报到证》和《全国毕业研究生就业派遣报到证（以下简称《报到证》）》，《报到证》由国家教委授权地方主管毕业生就业调配部门审核签发，特殊情况可由国家教委直接签发。
