用人单位个税申报晚了几天的，会被处以罚款。根据法律规定，未按规定期限办理纳税申报的，处两千元以下罚款，具体数额根据地区的不同而不同。逾期后再进行申报，税局会自动计算滞纳金，会自动在扣税银行账户上扣款，回单里会写明税额及滞纳金的金额。
法律依据:
《个人所得税》第一条
在中国境内有住所，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计满一百八十三天的个人，为居民个人。居民个人从中国境内和境外取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。
在中国境内无住所又不居住，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计不满一百八十三天的个人，为非居民个人。非居民个人从中国境内取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。
纳税年度，自公历一月一日起至十二月三十一日止。
