工厂会认可司法鉴定，但要求合规合法，不违反法律规定。司法鉴定适用于人身伤害赔偿程序，与工伤的劳动能力鉴定是两种不同的鉴定程序，如果想通过工伤程序处理伤残问题，就必须通过劳动部门的劳动能力鉴定。
法律依据:
《司法鉴定程序通则》第二条司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。司法鉴定程序是指司法鉴定机构和司法鉴定人进行司法鉴定活动的方式、步骤以及相关规则的总称。
《司法鉴定程序通则》第四条司法鉴定机构和司法鉴定人进行司法鉴定活动，应当遵守法律、法规、规章，遵守职业道德和执业纪律，尊重科学，遵守技术操作规范。
