医保卡当年余额和历年余额的区别有：
1、当年余额是指医保卡个人账户在当年一年中所剩的余额，历年余额是指个人账户中之前几年累计起来所剩的余额。
2、当年余额可以用来支付门诊、急诊、院前急救、定点零售药店购药的费用，历年余额除了支付门诊、急诊等费用，还可以支付定点医疗药店买药的费用。
法律依据:
《《中华人民共和国社会保险法》》第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
