国家赔偿案的立案程序是：
1、赔偿请求人向作为赔偿义务机关的人民法院提出赔偿申请；
2、收到申请的人民法院根据审查决定是否立案；
3、决定立案的，人民法院应当在立案之日起五日内向赔偿请求人送达受理案件通知书。
法律依据:
《国家赔偿法》第六条受害的公民、法人和其他组织有权要求赔偿。受害的公民死亡，其继承人和其他有扶养关系的亲属有权要求赔偿。受害的法人或者其他组织终止的，其权利承受人有权要求赔偿。
《国家赔偿法》第七条行政机关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关。
