工伤矛盾纠纷起诉到法院之后，法官会根据证据公平判决。如果经过工伤鉴定，劳动者确实为工伤后，法院会判决单位支付赔偿金。如果用人单位的证据可以证明不是工伤，是劳动者因为其他事情受的伤，那法院不会判决用人单位赔偿。
法律依据:
《民事诉讼法》第一百四十一条
法庭调查按照下列顺序进行：
（一）当事人陈述；
（二）告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言；
（三）出示书证、物证、视听资料和电子数据；
（四）宣读鉴定意见；
（五）宣读勘验笔录。
第一百四十二条
当事人在法庭上可以提出新的证据。
当事人经法庭许可，可以向证人、鉴定人、勘验人发问。
当事人要求重新进行调查、鉴定或者勘验的，是否准许，由人民法院决定。
