劳动者在合同期内主动辞职，用人单位一般不会扣除其工资。如果劳动者提前三十日向单位提出书面的辞职报告的，在三十日后就解除劳动合同，单位会按其实际工作的天数和约定的报酬标准来向其支付工资；但如果劳动者违法解除劳动合同的，则要按给单位造成的损失来赔偿。
法律依据:
《《中华人民共和国劳动合同法》》第三十七条劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
《《工资支付暂行规定》》第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
《《工资支付暂行规定》》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
