社会保险基金应当区分不同的保险来进行核算，其中基本医疗保险基金与生育保险基金合并建账及核算，而其他各项社会保险基金则按照不同的险种分别建账，分账核算。
法律依据:
《中华人民共和国社会保险法》第十五条基本养老金由统筹养老金和个人账户养老金组成。
基本养老金根据个人累计缴费年限、缴费工资、当地职工平均工资、个人账户金额、城镇人口平均预期寿命等因素确定。
《中华人民共和国社会保险法》第六十四条社会保险基金包括基本养老保险基金、基本医疗保险基金、工伤保险基金、失业保险基金和生育保险基金。除基本医疗保险基金与生育保险基金合并建账及核算外，其他各项社会保险基金按照社会保险险种分别建账，分账核算。社会保险基金执行国家统一的会计制度。
社会保险基金专款专用，任何组织和个人不得侵占或者挪用。
基本养老保险基金逐步实行全国统筹，其他社会保险基金逐步实行省级统筹，具体时间、步骤由国务院规定。
