约定特殊工时制度有效。但需要得到劳动行政部门的批复且劳资双方约定明确。特殊工时制度是指因工作性质或者生产特点的限制，不能实行标准工时制度的，按照法律规定，实行其他工作和休息办法的工时制度。
法律依据:
《中华人民共和国劳动合同法》第八条用人单位招用劳动者时，应当如实告知劳动者工作内容、工作条件、工作地点、职业危害、安全生产状况、劳动报酬，以及劳动者要求了解的其他情况；用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，劳动者应当如实说明。
《中华人民共和国劳动合同法》第十七条劳动合同应当具备以下条款：
（一）用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人；
（二）劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码；
（三）劳动合同期限；
（四）工作内容和工作地点；
（五）工作时间和休息休假；
（六）劳动报酬；
（七）社会保险；
（八）劳动保护、劳动条件和职业危害防护；
（九）法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。
