公司是按照本单位职工工资的总额和单位缴费费率的乘积来缴纳工伤保险的。如果难以按照工资总额缴纳的，则公司根据国务院社会保险行政部门制定的规定来为员工缴纳工伤保险。
法律依据:
《工伤保险条例》第八条工伤保险费根据以支定收、收支平衡的原则，确定费率。
国家根据不同行业的工伤风险程度确定行业的差别费率，并根据工伤保险费使用、工伤发生率等情况在每个行业内确定若干费率档次。行业差别费率及行业内费率档次由国务院社会保险行政部门制定，报国务院批准后公布施行。
《工伤保险条例》第九条国务院社会保险行政部门应当定期了解全国各统筹地区工伤保险基金收支情况，及时提出调整行业差别费率及行业内费率档次的方案，报国务院批准后公布施行。
《工伤保险条例》第十条用人单位应当按时缴纳工伤保险费。职工个人不缴纳工伤保险费。
用人单位缴纳工伤保险费的数额为本单位职工工资总额乘以单位缴费费率之积。
对难以按照工资总额缴纳工伤保险费的行业，其缴纳工伤保险费的具体方式，由国务院社会保险行政部门规定。
