员工申请劳动仲裁，如果员工获得胜诉裁决的，对公司有影响。公司需要履行胜诉裁决中规定的义务，如果公司拒不履行的，员工可以向法院申请执行。如果员工未获得胜诉裁决的，则一般没有太大的影响。
法律依据:
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十八条申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五十一条当事人对发生法律效力的调解书、裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，另一方当事人可以依照民事诉讼法的有关规定向人民法院申请执行。受理申请的人民法院应当依法执行。
