所在用人单位扣工资，如果符合其依法制定的规章制度，没有恶意侵犯员工的合法权益的，是合法的；如果用人单位是恶意克扣工资，损害员工的合法权益的，则是不合法的。
法律依据:
《中华人民共和国劳动法》第四条用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
《中华人民共和国劳动法》第四十七条用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
《中华人民共和国劳动法》第七十七条用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
调解原则适用于仲裁和诉讼程序。
